La storia inizia con Ben che riceve un indizio sotto forma di un medaglione vintage con un messaggio criptico. Questo lo conduce in un'avventura in tutto il mondo in tutta Europa, dove deve decifrare artefatti storici e trovare la chiave per la volta nascosta dei massoni.
Lungo la strada, si unisce al suo partner Riley Poole e suo padre, Patrick Gates, che con riluttanza vengono coinvolti nella ricerca. Si trovano ad affrontare una costante opposizione di Ian Howe, un cacciatore di tesori rivali che cerca lo stesso premio e una donna astuta e misteriosa di nome Abigail, che afferma di avere le sue ragioni per cercare il tesoro.
Il viaggio li porta in luoghi come Londra, Parigi e la Grande Muraglia cinese, mentre svelano gli indizi nascosti all'interno di documenti storici e punti di riferimento. Il film presenta un climax elettrizzante, in cui Ben deve correre contro il tempo per trovare il tesoro e liberare il nome di suo padre.
Alla fine, "National Treasure:Book of Secrets" è un'avventura divertente e ricca di azione che fonde un intrigo storico con umorismo e cuore. Continua l'eredità del primo film, offrendo un mistero accattivante che mantiene gli spettatori coinvolti fino alla fine.