In tutto il romanzo, Jim e i suoi amici, tra cui il dottor Livesey e lo scudiero Cooman, intraprendono un viaggio pericoloso per trovare il tesoro prima dell'equipaggio di Silver. Il conflitto si intensifica quando devono affrontare vari ostacoli, tra cui tempeste, terreni insidiosi e scontri con i pirati. Lo scontro finale avviene quando i pirati si ammutinano e tentano di prendere il controllo della nave, portando a una battaglia culminante tra Jim e i suoi alleati contro Silver e i suoi uomini.
Fondamentalmente, il conflitto in "L'Isola del Tesoro" è guidato dalla ricerca della ricchezza e dell'avidità, nonché dalla lotta per il potere e il controllo. Le motivazioni e i desideri dei personaggi li mettono in contrasto tra loro, creando suspense e tensione man mano che la storia si svolge. Inoltre, il conflitto evidenzia il tema del bene contro il male, poiché Jim e i suoi amici rappresentano l'onestà e la lealtà, mentre Silver e il suo equipaggio incarnano l'inganno e il tradimento.