È stata trovata morta nel suo ufficio nel Greenwich Village di New York. La sua morte è stata giudicata un omicidio , a seguito di strangolamento manuale e trauma contundente alla testa .
Il caso fu inizialmente trattato come un possibile suicidio, ma un'indagine successiva rivelò che Shelly era stata assassinata da un operaio edile denominato Diego Pillco .
La Pillco, che stava lavorando nell'edificio dove si trovava l'ufficio di Shelly, ha confessato il delitto ed è stato condannato per omicidio colposo .
La morte di Shelly è stata una tragica perdita per l'industria cinematografica e la sua eredità continua a ispirare gli aspiranti registi.