Gideon ha lasciato menti criminali alla fine della stagione 2. Si è dimesso dal BAU dopo aver sperimentato un PTSD estremo dopo la sua cattura e tortura da un serial killer.
La partenza è stata spiegata nel finale della stagione 2, "The Fisher King (Parte II)", dove Gideon affronta il suo trauma e decide che ha bisogno di dare la priorità al proprio benessere.
Appare nelle stagioni successive, ma solo nelle apparizioni ospiti, come nell'episodio "The Fisher King" (stagione 5) e "The Replicatore" (stagione 8).