È suonato durante un momento particolarmente toccante nell'episodio "Tutti odiano il Natale", in cui Chris si sente isolato e frainteso durante le festività natalizie. La melodia malinconica della canzone e i testi sentiti amplificano il peso emotivo della scena.
Ci sono altre canzoni tristi usate nello show, ma "God Only Knows" è spesso citato come potente e memorabile.