Hiro Nakamura è uno dei pochi eroi che è riuscito a rimanere in libertà. Ha usato le sue capacità di viaggiare nel tempo per salvare persone e prevenire disastri, ma è anche consapevole che il mondo sta ancora affrontando una grande minaccia.
Il cattivo principale della stagione è un nuovo personaggio di nome Erica Kravid, a capo di un impero mediatico globale che manipola segretamente gli eventi dietro le quinte. Erica è determinata a prendere il controllo dei governi del mondo ed eliminare ogni minaccia al suo potere, inclusi eroi e cattivi.
Mentre i piani di Erica iniziano a realizzarsi, gli eroi devono unirsi un'ultima volta per fermarla e salvare il mondo. La stagione finale culmina in una battaglia tra le forze del bene e del male, con gli eroi che alla fine prevalgono e ripristinano la pace nel mondo.