Principali antagonisti:
* Magnete: Il cattivo più iconico degli X-Men, Magneto è un potente mutante con la capacità di manipolare il magnetismo. Crede che i mutanti siano superiori agli umani e dovrebbero governare il mondo, spesso scontrandosi con il sogno di coesistenza pacifica del Professor X.
* Apocalisse: Un potente e antico mutante con la capacità di assorbire i poteri degli altri, Apocalisse cerca di purificare il mondo e creare un nuovo ordine con se stesso come sovrano.
* Dente a sciabola: Un mutante selvaggio e brutale con sensi potenziati, forza sovrumana e capacità rigenerative, Sabertooth è un predatore implacabile e un nemico giurato di Wolverine.
* Mistica: Maestra del mutaforma e dell'inganno, Mystique è un'abile spia e assassina che spesso opera nell'ombra. Ha una relazione complessa con gli X-Men, a volte agendo come alleata e altre volte come uno spietato nemico.
* La Confraternita dei Mutanti: Un gruppo di mutanti guidati da Magneto che crede che gli umani siano il nemico e che i mutanti debbano governare. Questo gruppo ha incluso numerosi membri nel corso degli anni, tra cui Toad, Pyro e Blob.
Altri avversari importanti:
*Il signor. Sinistro: Un genetista brillante ma spietato, ossessionato dalla manipolazione dell'evoluzione dei mutanti.
* Il colosso: Una forza inarrestabile della natura dotata di immensa forza e invulnerabilità.
* Le sentinelle: Potenti robot progettati per cacciare e distruggere i mutanti.
* Il Club Infernale: Un'organizzazione esclusiva e potente che cerca di controllare i poteri mutanti per i propri fini.
* William Stryker: Un leader militare che crede che i mutanti siano una minaccia per l'umanità e cerca di eliminarli.
Organizzazioni:
* AIM (meccanica avanzata delle idee): Un'organizzazione scientifica che spesso si occupa di tecnologie pericolose e si è scontrata in diverse occasioni con gli X-Men.
* Idra: Un'organizzazione terroristica globale con una storia di tentativi di controllare i poteri mutanti.
* I purificatori: Un gruppo fanatico di umani che credono che i mutanti siano una piaga nel mondo.
È importante notare che gli X-Men hanno affrontato molti altri avversari nel corso della loro lunga storia, ma questi sono alcuni dei nemici più importanti e ricorrenti. I nemici degli X-Men riflettono i temi complessi del pregiudizio, della paura e della lotta per l'uguaglianza che sono intrecciati in tutto il franchise.