Il culmine: Gli X-Men, insieme ai loro alleati, affrontano Sebastian Shaw e la sua squadra di criminali mutanti in uno scontro finale a bordo di un sottomarino nucleare. Erik Lehnsherr (Magneto) inizialmente cerca vendetta per le atrocità commesse contro i mutanti, minacciando di utilizzare i missili nucleari del sottomarino per distruggere il mondo.
La svolta: Charles Xavier (Professor X) interviene, facendo appello all'umanità di Erik e ricordandogli che il loro vero obiettivo è proteggere i mutanti, non distruggere l'umanità. Questo momento di connessione tra i due amici cambia le sorti della battaglia.
La vittoria: Gli X-Men, con l'aiuto di Moira MacTaggert, riescono a disarmare i missili e sconfiggere Shaw e la sua squadra.
Il finale agrodolce: Sebbene si siano assicurati una vittoria temporanea, il film si conclude con una nota malinconica:
* Tradimento di Erik: Erik, nonostante sia influenzato dalle parole di Charles, si sente ancora profondamente ferito dalla persecuzione dei mutanti e si allontana per iniziare il proprio percorso, suggerendo un potenziale conflitto futuro con Charles e gli X-Men.
* Colpa di Charles: Charles ha il cuore spezzato dalla partenza di Erik e porta il peso della propria colpa per la tragedia della crisi missilistica cubana, che ha inconsapevolmente contribuito a scongiurare, ma al costo di migliaia di vite.
* Inizia una nuova era: Il film si conclude con la formazione degli X-Men come squadra dedita alla protezione sia degli umani che dei mutanti, ma con un senso di incertezza sul futuro e sulla potenziale minaccia rappresentata dal crescente risentimento di Erik Lehnsherr.
Il finale lascia una domanda persistente: Erik e Charles rimarranno su fronti opposti o troveranno un modo per colmare le loro differenze? Questa domanda pone le basi per il futuro del franchise degli X-Men.