L'Arsenal Gear è un enorme sottomarino armato di armi nucleari. È controllato da Solidus Snake, il leader dei Sons of Liberty, un'organizzazione terroristica. Raiden, il personaggio del giocatore, deve infiltrarsi nell'Arsenal Gear e impedire a Solidus di usare le armi nucleari.
La battaglia con Solidus è una lotta emozionante e stimolante. Solidus è un potente avversario e usa una varietà di armi e tecniche per sconfiggere Raiden. Raiden deve usare tutte le sue abilità e capacità per sconfiggere Solidus e salvare il mondo.
La distruzione dell'Arsenal Gear e la battaglia finale con Solidus Snake sono un momento memorabile perché rappresenta un punto di svolta nel gioco. È il punto in cui Raiden sconfigge finalmente i suoi nemici e salva il mondo. È anche un momento di grande catarsi, poiché Raiden finalmente si vendica della morte dei suoi genitori.