Moriarty viene introdotto per la prima volta nella storia "L'avventura del problema finale", dove si scopre che è la mente criminale dietro una complessa rete di crimini su cui Holmes sta indagando. Moriarty è descritto come un "Napoleone del crimine" e la sua organizzazione criminale si estende in tutta Europa. Usa la sua intelligenza e la sua rete criminale per commettere vari crimini, tra cui omicidio, frode e ricatto.
Holmes affronta Moriarty in una drammatica resa dei conti alle cascate di Reichenbach, dove entrambi apparentemente cadono verso la morte. Tuttavia, viene successivamente rivelato che Holmes è sopravvissuto e il corpo di Moriarty non viene mai ritrovato, lasciando aperta la possibilità del suo ritorno.
Nelle successive storie di Sherlock Holmes, Moriarty viene menzionato o indicato come l'epitome del genio malvagio e criminale. È considerato il più grande avversario di Holmes e i suoi schemi e piani pongono sfide significative alle capacità investigative di Holmes.