Ecco cosa sappiamo della sua produzione musicale:
* Era principalmente un musicista di chiesa. Questo è probabilmente il motivo per cui la maggior parte delle sue composizioni erano destinate a servizi religiosi, come cantate, mottetti e opere per organo.
* Si ritiene che abbia scritto diverse cantate e corali. Sfortunatamente, nessuno di questi è stato conservato.
* Ha scritto anche alcuni pezzi per tastiera. Alcuni di questi sono ancora esistenti, tra cui "Allein Gott in der Höh sei Ehr" e "Christ lag in Todesbanden", che sono considerati i primi esempi di musica per organo barocca.
È fondamentale ricordare che la nostra conoscenza dell'opera di Johann Christoph Bach è molto limitata a causa della mancanza di manoscritti sopravvissuti. Pertanto è impossibile fornire un elenco completo delle sue composizioni.
Tuttavia, le opere sopravvissute offrono preziose informazioni sull'ambiente musicale in cui Johann Sebastian Bach è cresciuto e ne è stato influenzato.