Era nato a Davao City, Davao, Isole Filippine, ed era sposato con Mercedes Cacho. Era il padre dell'ex sindaco della città di Davao Sara Duterte, della figlia del vicepresidente Inday Sara Duterte-Carpio e dell'ex membro del Congresso del terzo distretto di Davao Paolo "Pulong" Duterte.
Veterano della politica a Davao City, Alvarez entrò in politica per la prima volta nel 1965, quando fu eletto vice sindaco della città. Il suo mandato di sindaco per due mandati è stato caratterizzato da una campagna contro i ribelli musulmani nella zona e da un aggressivo programma di sviluppo economico. Ha anche sostenuto la presidenza di Ferdinand Marcos.
Durante la Legge Marziale, Alvarez fu eletto rappresentante del 3° Distretto di Davao nel 1978. Fu rieletto nel 1980 e nel 1984. Fu parte integrante dell'apparato di Marcos e alleato del defunto presidente.
Quando Marcos fu rovesciato dalla People Power Revolution nel 1986, Alvarez cambiò schieramento e si unì al governo del presidente Corazon Aquino. Successivamente è stato nominato Segretario della Difesa Nazionale.
Nel 1987 è stato nominato amministratore della Philippine Coconut Authority. Ha prestato servizio fino al 1990.