In questa serie, il personaggio principale, Mikey Kudo, e i suoi amici vengono trasportati nel mondo digitale e si legano ai partner Digimon. Tuttavia, invece di essere trasformati direttamente, vengono "fusi" con i loro Digimon, risultando in una forma ibrida umano-Digimon chiamata "Fusion Fighters". Ciò consente loro di utilizzare le abilità dei Digimon e combattere al loro fianco.
La serie esplora i temi dell'amicizia, del lavoro di squadra e del superamento delle sfide mentre si affrontano i pericoli del mondo digitale.