Nel libro, Clarke sostiene che l'amministrazione Bush ha ignorato gli avvertimenti delle agenzie di intelligence sulla minaccia del terrorismo e che questa negligenza ha contribuito agli attacchi dell'11 settembre. Critica anche la risposta dell'amministrazione agli attacchi e sostiene che le guerre in Afghanistan e Iraq hanno reso gli Stati Uniti meno sicuri.
Shady Aftermath è stato elogiato da alcuni per il suo punto di vista privilegiato sugli attacchi dell'11 settembre e per le sue critiche alla gestione del terrorismo da parte dell'amministrazione Bush. Tuttavia, è stato anche criticato da alcuni per il suo ritratto negativo dell'amministrazione Bush e per la mancanza di prove specifiche a sostegno di alcune delle sue affermazioni.