Nel romanzo, il Fantasma è un uomo deforme che indossa una maschera per nascondere il volto. Vive nelle catacombe sotto il teatro dell'opera e usa il suo genio musicale per controllare i cantanti d'opera e i macchinisti. Il Fantasma si innamora di una giovane soprano di nome Christine Daaé e diventa ossessionato da lei. La rapisce e la porta nella sua tana nelle catacombe. Christine alla fine fugge dal Fantasma, che scompare nella notte.
Il destino del Fantasma rimane ambiguo nel romanzo. Nella versione originale francese del romanzo, si dice che il Fantasma si sia impiccato nelle catacombe. Tuttavia, nella traduzione inglese, si dice che il Fantasma sia scomparso nelle fogne di Parigi.