Potenziatori:sono sequenze di DNA che legano i fattori di trascrizione e promuovono la trascrizione dei geni vicini. Ad esempio, il potenziatore nel locus della catena pesante delle immunoglobuline è responsabile dell’alto livello di espressione di questi geni nelle cellule B.
Promotori:sono sequenze di DNA che legano l'RNA polimerasi e avviano la trascrizione dei geni. Ad esempio, il promotore del gene dell’ormone della crescita umano è responsabile dell’espressione di questo gene nella ghiandola pituitaria.
Silenziatori:sono sequenze di DNA che legano i fattori di trascrizione e reprimono la trascrizione dei geni vicini. Ad esempio, il silenziatore nel gene della β-globina umana è responsabile della repressione di questo gene nelle cellule non eritroidi.
Sequenze di transazione:
Fattori di trascrizione:sono proteine che si legano a sequenze ad azione cis e regolano la trascrizione dei geni. Ad esempio, il fattore di trascrizione Oct-1 si lega al motivo dell’ottamero nel potenziatore della catena pesante delle immunoglobuline e promuove la trascrizione di questi geni nelle cellule B.
RNA polimerasi:questo è un complesso proteico che si lega ai promotori e trascrive i geni nell'RNA.
Altre proteine regolatrici:sono proteine che si legano a sequenze ad azione cis e regolano la trascrizione dei geni in vari modi. Ad esempio, la proteina CTCF si lega al motivo CCCTC nel gene della β-globina umana e aiuta a organizzare la struttura della cromatina di questa regione, necessaria per la repressione del gene nelle cellule non eritroidi.