* Pianoforte: Ha menzionato il suonare il pianoforte nelle interviste e lo ha persino suonato in alcuni dei suoi ruoli.
* Chitarra: È stato visto suonare la chitarra in alcune delle sue apparizioni televisive e si è persino esibito con una band.
* Batteria: Ha messo in mostra le sue abilità di batterista in alcune apparizioni.
* Ukulele: Ha un ukulele a casa sua e ha mostrato interesse ad impararlo.
Sebbene non sia un musicista professionista, Neil Patrick Harris sembra divertirsi a suonare vari strumenti per divertimento e li ha persino incorporati nel suo lavoro.