Groudon (tipo Terra)
* Trovato nella Caverna dell'Origine dopo aver sconfitto i Superquattro ed essere diventato Campione.
* Può essere catturato solo dopo aver ottenuto la Sfera Rossa.
Kyogre (tipo Acqua)
* Trovato nella Caverna dell'Origine dopo aver sconfitto i Superquattro ed essere diventato Campione.
* Può essere catturato solo dopo aver ottenuto la Sfera Blu.
Rayquaza (tipo Drago/Volante)
* Si trova nella Torre dei Cieli dopo che Groudon e Kyogre sono stati sconfitti.
* Può essere catturato solo dopo aver ottenuto la Sfera Rossa e la Sfera Blu.
Regirock (tipo Roccia)
* Trovato nell'antico tempio nel deserto, accessibile dopo aver ottenuto le tre chiavi Regi.
* Devi attivare il tempio utilizzando le chiavi in un ordine specifico.
Regice (tipo Ghiaccio)
* Trovato nell'antico tempio nel deserto, accessibile dopo aver ottenuto le tre chiavi Regi.
* Devi attivare il tempio utilizzando le chiavi in un ordine specifico.
Registeel (tipo acciaio)
* Trovato nell'antico tempio nel deserto, accessibile dopo aver ottenuto le tre chiavi Regi.
* Devi attivare il tempio utilizzando le chiavi in un ordine specifico.
Latias (tipo Drago/psichico)
* Trovato nell'Isola del Sud dopo aver ottenuto il Flauto Eon.
* Disponibile solo dopo aver ottenuto il Flauto Eon.
Latios (tipo Drago/psichico)
* Trovato nell'Isola del Sud dopo aver ottenuto il Flauto Eon.
* Disponibile solo dopo aver ottenuto il Flauto Eon.
Jirachi (tipo Acciaio/psichico)
* Trovato nella Casa del Creatore di Desideri dopo aver ottenuto la Pietra Stella.
* Questo è un incontro raro e dovrai usare la Pietra Stellare per svegliarlo.
Mew (tipo psichico)
* Tecnicamente non ottenibile tramite il normale gameplay. Richiede un dispositivo glitch o cheat per essere acquisito.
Nota: Mentre tecnicamente puoi ottenere Mewtwo in Pokémon Smeraldo, non è un incontro leggendario. Può essere trovato nella Villa Pokémon abbandonata nell'area di Slateport City.