* Tono: Gravity Falls è una serie più leggera e comica, mentre Mystery Incorporated è più oscura e seria. Gravity Falls presenta spesso una commedia slapstick e un umorismo basato su giochi di parole, mentre Mystery Incorporated è più pieno di suspense e si basa maggiormente sull'umorismo a tema horror.
* Personaggi: I personaggi di Gravity Falls sono più eccentrici e bizzarri, mentre i personaggi di Mystery Incorporated sono più realistici e facilmente riconoscibili. I personaggi di Gravity Falls hanno maggiori probabilità di trovarsi in situazioni stravaganti e di possedere strane abilità, mentre i personaggi della Mystery Incorporated hanno maggiori probabilità di essere coinvolti in indagini serie e affrontare pericoli reali.
* Impostazione: Gravity Falls è ambientato in una piccola città isolata nell'Oregon, mentre Mystery Incorporated è ambientato nella città immaginaria di Crystal Cove, in California. Gravity Falls è un'ambientazione più soprannaturale, con strane creature ed eventi che si verificano regolarmente, mentre Crystal Cove è un'ambientazione più normale, con i misteri tipicamente causati da criminali umani.
* Formato: Gravity Falls è una serie serializzata, in cui ogni episodio si basa sugli episodi precedenti e porta a una storia generale più ampia. Mystery Incorporated è più episodico, ogni episodio è una storia a sé stante.
Nel complesso, Gravity Falls e Scooby-Doo Mystery Incorporated sono entrambe eccellenti serie di commedie misteriche animate, ma hanno punti di forza e di debolezza diversi. Gravity Falls è una serie più spensierata e comica con personaggi più eccentrici, mentre Mystery Incorporated è una serie più cupa e seria con personaggi più realistici.