La guerra inizia quando Portgas D. Ace, il comandante della seconda divisione dei Pirati di Barbabianca e figlio biologico di Gol D. Roger, l'ex Re dei Pirati, viene catturato dai Marines e destinato all'esecuzione. Il fratello di Ace, Monkey D. Luffy, il protagonista della serie, e la sua ciurma, i Pirati di Cappello di Paglia, tentano di salvare Ace, provocando uno scontro con i Marines.
Man mano che la battaglia si intensifica, vengono coinvolti individui e gruppi più potenti, inclusi i tre Ammiragli della Marina, i Sette Signori della Guerra del Mare e persino gli ex nemici dei Pirati di Barbabianca che scelgono di combattere al loro fianco. La battaglia è segnata da intensi combattimenti, tradimenti e sacrifici personali poiché entrambe le parti subiscono pesanti perdite.
La Paramount War ha diverse conseguenze significative per il mondo di One Piece. Cambia l'equilibrio di potere tra i Marines e le ciurme dei pirati, portando a una nuova era di pirateria. Rivela inoltre importanti informazioni sulla storia e i segreti dell'universo di One Piece, inclusa la vera natura dei Frutti del Diavolo e l'esistenza delle Armi Antiche.
Nel complesso, la Guerra della Paramount è un evento cruciale nella storia di One Piece che modella il futuro della serie e ha ripercussioni durature sui personaggi e sul mondo in cui vivono.