Séguy è nato a Tolone, in Francia, il 1 luglio 1877. Ha mostrato una passione per la storia naturale in giovane età e ha iniziato a collezionare insetti all'età di 12 anni. Ha studiato medicina all'Università di Montpellier e si è laureato nel 1902.
Séguy iniziò la sua carriera come medico militare, ma presto si dedicò all'entomologia. Lavorò al Muséum national d'histoire naturelle di Parigi dal 1906 fino al suo pensionamento nel 1942. Durante la sua permanenza al museo, curò la collezione di Ditteri e pubblicò numerosi articoli scientifici e libri sull'argomento.
La principale area di ricerca di Séguy era la famiglia Muscidae, e di questo gruppo divenne un esperto mondiale. Descrisse oltre 1.000 nuove specie di Muscidae e pubblicò numerose monografie e cataloghi sulla famiglia. Lavorò anche su altre famiglie di Ditteri, tra cui Tephritidae, Conopidae e Cecidomyiidae.
Oltre al suo lavoro scientifico, Séguy fu anche membro attivo di diverse società scientifiche, tra cui la Société entomologique de France e la Royal Entomological Society di Londra. Nel 1939 gli fu conferita la Medaglia Linnean della Linnean Society di Londra e nel 1949 il Prix Constant dell'Académie des sciences di Parigi.
Séguy morì a Parigi il 23 ottobre 1951, all'età di 74 anni. Fu un prolifico entomologo che diede un contributo significativo allo studio dei ditteri, e il suo lavoro è ancora oggi ampiamente citato dagli scienziati.