La tensione aumenta mentre Thomas e i suoi amici affrontano le sfide più grandi mai affrontate. Devono attraversare gli insidiosi corridoi del Labirinto mentre vengono inseguiti dagli implacabili Grievers, creature meccaniche che vagano per il Labirinto e rappresentano una minaccia mortale. Il climax raggiunge il suo apice quando Thomas affronta il creatore del Labirinto, Ava Paige, e mette in dubbio la moralità e le motivazioni dietro l'esperimento del WCKD.
Nel mezzo del caos e del pericolo, Thomas e i Radurai scoprono i segreti dietro il Labirinto e le ragioni della loro reclusione. Vengono a patti con i sacrifici che devono fare per liberarsi e svelare la verità sulle intenzioni del WCKD.
Il climax di Maze Runner è segnato da intense sequenze d'azione, confronti emotivi e rivelazioni che cambiano il corso della storia e preparano il terreno per gli eventi che si svolgeranno nei successivi libri della serie.