Un modo migliore per pulire il flauto è utilizzare un panno morbido e asciutto per rimuovere lo sporco o la polvere. Se è presente un accumulo di umidità all'interno del flauto, è possibile utilizzare una speciale bacchetta per la pulizia con attaccato un panno morbido per asciugare l'interno dello strumento. È anche una buona idea far pulire e revisionare periodicamente il flauto da un tecnico professionista per garantire che rimanga in buone condizioni.