Mentre le spie cercano di sconfiggersi a vicenda, incontrano ostacoli comici che trasformano la loro attività di spionaggio in uno spettacolo secondario di commedia slapstick. Black Spy rimane intrappolato in un gigantesco yo-yo, mentre White Spy si ritrova inseguito da uno sciame di polli di gomma. La flora e la fauna dell'isola si uniscono a questa follia, con pappagalli parlanti che si fanno beffe di ogni mossa delle spie e scimmie dispettose che rubano i loro piani segreti.
Nel mezzo del caos crescente, le due spie si imbattono in un laboratorio sotterraneo nascosto dove scoprono la mente dietro la loro infinita rivalità:un dispettoso scienziato MAD di nome Professor Wacko. Si scopre che Wacko ha orchestrato le missioni Spia contro Spia per il proprio divertimento, utilizzando travestimenti telecomandati e gadget ingannevoli per far sì che le spie inseguiscano le ombre.
In una scena culminante che sfida la logica e la ragione, Black Spy e White Spy si alleano contro il Professor Wacko, impegnandosi in una battaglia folle che coinvolge torte alla crema, sigari esplosivi e un elastico gigante. Alla fine, le spie e lo scienziato rimangono invischiati in un contorto giro di eventi che li lascia tutti confusi e completamente sconfitti.
Mentre cala il sipario sull'avventura Spy vs Spy, gli agenti si ritrovano nei rispettivi quartier generali, chiedendosi se la loro ultima scappatella fosse solo una folle allucinazione. Con i loro sorrisi caratteristici, alzano le spalle e si preparano per la loro prossima missione, sapendo che il mondo di Spy vs Spy sarà sempre pieno di stravaganti sorprese e colpi di scena imprevedibili.