Televisione:
* The Rookie (2018 - presente): Sergente "Nyla" Harper
* Il filo (2002-2008): Il detective "Beadie" Russell
* Sei piedi sotto (2001-2005): Brenda Chenowith
* ER (1994-2009): La dottoressa Janet Coburn
* X-Files (1993-2018): La dottoressa Anne Buckle
* L'ala ovest (1999-2006): La dottoressa Grace Barnett
* La buona moglie (2009-2016): Il giudice Christine "Chrissy" Sexton
* castello (2009-2016): Il detective Ryan "Ritter" Russell
* Law &Order:Unità vittime speciali (1999-oggi): Vari ruoli
* Grey's Anatomy (2005-oggi): La dottoressa Beth Hunter
* NCIS (2003-oggi): La dottoressa Wendy Kieffer
* Criminal Minds (2005-2020): Dott.ssa Erica Rinehart
* Famiglia moderna (2009-2020): L'infermiera Pam
Film:
* La sorellanza dei pantaloni da viaggio (2005): Signora Gold
* Il punteggio perfetto (2004): La signora Baker
* Dopodomani (2004): La dottoressa Lucy Hall
* Il principe delle maree (1991): Martha McMahon
* Thelma e Louise (1991): Carhop
* Il silenzio degli innocenti (1991): Donna alla stazione di servizio
* Il giocatore (1992): Segretario
Questo è solo un elenco parziale, poiché Amy Aquino ha partecipato a molti altri progetti nel corso della sua carriera. È un'attrice versatile con una forte presenza sia sul grande che sul piccolo schermo.