Čajkovskij morì il 6 novembre 1893 (25 ottobre, secondo l'antico calendario giuliano russo) di colera, che all'epoca costituiva un grave problema per la salute pubblica e poteva diffondersi rapidamente se l'acqua infetta veniva consumata inconsapevolmente. Anche se oggi questo può sembrare “insolito” a molti, le epidemie di colera non erano particolarmente rare all’epoca.
A quel tempo, si verificò un’epidemia di colera intorno a San Pietroburgo (l’attuale Leningrado in Russia), dove risiedeva Čajkovskij. Purtroppo contrasse il batterio, che per diversi giorni ebbe gravi conseguenze sulla sua salute, contribuendo infine alla sua morte.
Per evitare speculazioni e controversie in seguito, la diagnosi dei medici indicava una probabile infezione dovuta a acqua contaminata o cibo non bollito che Čajkovskij avrebbe potuto inavvertitamente consumare. Non esistono teorie insolite sulla sua morte a parte la sua malattia che lo ha portato alla morte.