* I ritardatari (1990) :Interpreta un personaggio chiamato "Il Capitano" in questa commedia nera su un gruppo di soldati di stanza nelle Filippine.
* Dracula di Bram Stoker (1992) :Interpreta il ruolo di Renfield, il paziente mentalmente disturbato del conte Dracula. Questo era un ruolo più importante per lui.
* La ballata della piccola Jo (1993) :Interpreta un personaggio misterioso chiamato "Il Predicatore" in questo dramma western.
* Uomini misteriosi (1999) :Ha un ruolo cameo come "The Sweeper" in questa commedia di supereroi.
* Big Fish (2003) :Interpreta "La Strega" nel film fantasy di Tim Burton.
Vale la pena notare che Tom Waits è noto principalmente per la sua carriera musicale ed è apparso solo in alcuni film. Tende a scegliere ruoli oscuri, eccentrici o comunque non convenzionali.