Ecco alcuni esempi chiave:
* La pietra filosofale: Il conflitto centrale ruota attorno alla minaccia di Lord Voldemort che tenta di rubare la Pietra per riconquistare il suo potere.
* La foresta proibita: Affrontano il pericolo rappresentato da un cane a tre teste che sorveglia la Pietra e da varie altre creature.
* La partita a scacchi: Devono superare una scacchiera gigante i cui pezzi sono a grandezza naturale e pericolosi.
* Le botole: Incontrano numerose trappole all'interno del castello, inclusa la famigerata "trappola del diavolo".
* Lo specchio delle brame: Lo Specchio delle Brame (desiderio scritto al contrario) tenta Harry con l'immagine dei suoi genitori, che quasi gli fa perdere la concentrazione sul vero compito da svolgere.
* Professor Raptor: Scoprono che l'apparentemente innocuo Professor Quirrell è in realtà posseduto da Voldemort.
* Il confronto finale: Harry affronta Raptor e Voldemort, rischiando la propria vita per proteggere la Pietra.
Questi sono solo alcuni esempi dei tanti problemi che hanno dovuto affrontare. In tutto il libro, Harry, Ron e Hermione dimostrano coraggio, intraprendenza e lealtà nel superare questi ostacoli.