Invece, ogni episodio presenta in genere un caso di omicidio diverso, che spesso coinvolge un assassino unico e avvincente. Ci sono personaggi ricorrenti che fungono da cattivi in più episodi, ma non sono l'obiettivo principale della serie.
Alcuni dei cattivi ricorrenti più memorabili includono:
* L'impatto: Un serial killer che seppellisce le sue vittime in tombe elaborate e ritualistiche.
* Il burattinaio: Un serial killer che manipola le sue vittime per uccidersi.
* The Gormogon: Un serial killer che lascia messaggi criptici e enigme per la squadra da risolvere.
Il focus dello spettacolo è principalmente sulla relazione tra il Dr. Temperance Brennan e l'agente speciale Seeley Booth e sul processo di risoluzione dei misteri presentati in ogni episodio.