La storia si concentra sul viaggio di RU di auto-scoperta e sul suo sacrificio per salvare il principe, Fakir, che lei ama. Alla fine sceglie di vivere come persona "Princess Tutu", un'entità potente e altruistica, piuttosto che perseguire una relazione romantica.
Mentre c'è una forte corrente romantica tra Ru e Fakir, la storia si conclude con loro che non finiscono insieme in senso romantico tradizionale. Questo lascia spazio all'interpretazione riguardo alla natura della loro relazione e alla possibilità che il loro legame si evolva in futuro.