In Pokémon Cristallo viaggi tra città e paesi utilizzando vari metodi:
* Camminare: Il metodo più comune, soprattutto all'inizio del gioco.
* Ciclismo: Disponibile una volta ottenuta una bicicletta dalla pista ciclabile a Fiordoropoli.
* Barca: Utilizzato per viaggiare tra alcune città, come da New Bark Town a Violet City.
* Treno: Utilizzato per viaggiare in alcune città, come da Fiordoropoli ad Amarantopoli. Acquisti i biglietti del treno per viaggiare, ma non esiste un "pass ferroviario" dedicato.
Il gioco non ha un sistema di pass ferroviario come alcuni giochi Pokemon successivi, come Pokemon Diamante, Perla e Platino.