Il flauto ha anche un sistema di chiavi che consente al suonatore di aprire e chiudere facilmente e rapidamente i fori dei toni. Questo sistema di chiavi è costituito da una serie di leve e aste collegate ai fori. Quando si preme un tasto, si apre il foro del tono corrispondente e quando si rilascia un tasto, si chiude il foro del tono corrispondente.
Variando la lunghezza della colonna d'aria e aprendo e chiudendo i fori tonali, il flautista può produrre un'ampia gamma di note. La nota più bassa che un flauto può produrre è il Do sotto il Do centrale, e la nota più alta che un flauto può produrre è il Do tre ottave sopra il Do centrale.