Mozart e Schikaneder hanno collaborato strettamente alla creazione dell'opera. Inizialmente concepirono l'opera come un'opera fiabesca, ma col tempo si trasformò in un'opera più seria e complessa che esplorava i temi dell'amore, dell'amicizia e della ricerca della saggezza e dell'illuminazione.
La musica di Mozart per Il Flauto Magico è caratterizzata dalla sua bellezza, varietà e profondità emotiva. L'opera contiene un'ampia gamma di numeri musicali, tra cui arie, duetti, ensemble e cori, oltre a passaggi strumentali che esaltano la drammaticità della storia.
Il successo de Il Flauto Magico assicurò la reputazione di Mozart come uno dei più grandi compositori d'opera. Continua ad essere rappresentata regolarmente in tutto il mondo ed è considerata uno dei capolavori della letteratura operistica.