- Musica per orchestra:
- Concerti Brandeburghesi (1721)
- Suite orchestrali (1720-1723)
- Concerti per violino (1717-1723)
- Musica per tastiera:
- Il clavicembalo ben temperato (1722, 1744)
- Variazioni Goldberg (1741)
- Suite francesi (1722-1725)
- Invenzioni e Sinfonie (1723)
- Musica per organo:
- Toccata e fuga in re minore (1703-1707 circa)
- Passacaglia e fuga in do minore (1708 circa)
- Preludio e Fuga in sol maggiore (1730-1735 circa)
- Musica vocale:
- Passione secondo Matteo (1727)
- Passione secondo Giovanni (1724)
-Magnificato (1723)
- Oratorio di Natale (1734-1735)
- Altri lavori:
- Das Musikalische Opfer (L'offerta musicale) (1747)
- L'arte della fuga (1749-1750 circa)
- Cantate (oltre 200)
- Messe (6)