Aphex Twin suona una varietà di strumenti, inclusi sintetizzatore, campionatore, drum machine e sequenziatore. È anche noto per l'uso di computer e software per creare la sua musica. Ha utilizzato una varietà di programmi software, tra cui Ableton Live, Logic Pro e Max/MSP.
La musica di Aphex Twin è spesso caratterizzata da ritmi complessi, melodie intricate e suoni sperimentali. È considerato uno dei musicisti elettronici più influenti della sua generazione.