I testi descrivono una storia d'amore vorticosa che all'inizio sembrava perfetta, ma presto rivelò il suo lato oscuro. La narratrice canta di come sapeva che c'erano dei segnali di allarme fin dall'inizio, ma li ha ignorati a causa dei sentimenti intensi che provava per questa persona.
In tutta la canzone, Swift utilizza linguaggio e immagini metaforici per trasmettere il tumulto emotivo della relazione. Paragona il suo amore a una "maledizione cremisi" e a una "droga" da cui era dipendente, nonostante sapesse che era dannosa.
Il ritornello sottolinea la consapevolezza del narratore che lei era sopra la sua testa e avrebbe dovuto vedere i guai arrivare:"Sapevo che avevi problemi quando sei entrato, quindi vergognami adesso".
Il bridge della canzone raggiunge il culmine quando la narratrice esprime la sua frustrazione e rabbia, desiderando di poter tornare indietro e annullare la sua decisione di farsi coinvolgere con questa persona. Si rende conto di essersi lasciata accecare dai suoi sentimenti e di averne pagato il prezzo.
Il ritornello finale ripete il messaggio principale della canzone, rafforzando l'idea che la narratrice sapesse che il suo amore era travagliato ma si lasciava comunque coinvolgere.
Nel complesso, "I Knew You Were Trouble" funge da ammonimento sui pericoli derivanti dall'ignorare i segnali d'allarme e dal cedere a intense emozioni in una relazione, portando alla fine al crepacuore e al rimorso.