La musica di Gottschalk è spesso descritta come "nazionalista" perché incorpora elementi della musica folk americana e della musica popolare. Nelle sue composizioni ha utilizzato anche spiritual afroamericani e altri elementi della musica afroamericana. La musica di Gottschalk è spesso caratterizzata dall'uso della sincope, dell'improvvisazione e della tecnica virtuosistica del pianoforte.
Alcune delle composizioni più famose di Gottschalk includono "Bamboula", "The Banjo", "The Union" e "The Last Hope". Questi brani musicali sono tutti rappresentativi dello stile unico di Gottschalk e del suo impegno nel creare una musica distintamente americana.