- Concerti Brandeburghesi n. 1-6, BWV 1046-1051 (1721 circa)
- Suite per violoncello n. 1-6, BWV 1007-1012 (1720-23 circa)
- Il Clavicembalo ben temperato, libri 1 e 2, BWV 846-893 (1722, 1744)
- Variazioni Goldberg, BWV 988 (1741-42 circa)
- Messa in si minore, BWV 232 (c.1733-38)
- Passione secondo Matteo, BWV 244 (1727)
- Passione secondo Giovanni, BWV 245 (1724)
- Suites orchestrali n. 1-4, BWV 1066-1069 (1725-30 circa)
- Suite francesi, BWV 812-817 (1725 circa)
- Suite inglesi, BWV 806-811 (1715 circa)
- Partite per violino solo, BWV 1002-1006 (1720 circa)
- Sonate e partite per violino solo, BWV 1001-1006 (1720 circa)