Petrucci utilizza le chitarre Ernie Ball Music Man dall'inizio degli anni '90 e i suoi modelli distintivi sono tra le chitarre più popolari al mondo. I suoi modelli distintivi includono John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR e John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci ha utilizzato anche chitarre Ibanez negli anni '80 e all'inizio degli anni '90. La sua chitarra Ibanez più famosa è la Ibanez RG550, che ha utilizzato nei primi due album dei Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci ha utilizzato occasionalmente anche chitarre Fender Stratocaster, in particolare per i toni puliti e blues.