La storia del gioco ruota attorno all'"Impero Eggman" un gruppo di robot e mostri controllati dal Dr. Eggman. Questo impero è composto da vari "servitori Eggman", ciascuno con abilità e aspetto unici.
Mentre alcuni di questi servitori, come "Egg Pawn" e "Uovo Calabrone" sono familiari, altri sono più misteriosi. Quelli più comunemente definiti "mostri misteriosi" includono:
* "Uovo Cerbero": Un robot simile a un cane a tre teste con un potente trapano.
* "Golem delle uova": Un robot enorme e lento, dotato di un grosso martello.
* "Re delle uova": Un robot gigante simile a un trono con potenti laser.
Questi sono solo alcuni esempi e molti altri robot e mostri unici e senza nome compaiono nel gioco, aggiungendo mistero e intrigo.
Quindi, anche se non esiste un singolo "mostro misterioso", la presenza collettiva di questi personaggi unici e intriganti contribuisce all'atmosfera accattivante e misteriosa di Sonic Heroes.