Ci sono due camere principali:
* La Camera delle Ombre: Qui è dove affronti i Pokémon Ombra per la prima volta. È necessario combatterli per purificarli.
* La Camera dell'Oscurità: Questa è la camera finale dove affronti il boss finale, il leader dei Pokémon Ombra. È accessibile dopo aver completato determinati compiti e aver purificato diversi Pokémon ombra.
La posizione esatta all'interno della struttura dei Pokémon ombra non è specificata nel gioco, ma di solito si trova più in profondità all'interno della struttura man mano che si avanza nella storia.