Ci sono 25 diverse Nature nel gioco, ognuna con i propri effetti positivi e negativi su statistiche specifiche. Ad esempio, un Pokémon con una natura Robusta non ha modifiche alle statistiche, mentre uno con una natura Allegra ha un aumento della sua velocità e una diminuzione del suo attacco speciale.
Comprendere e gestire le Nature è fondamentale per costruire una squadra Pokémon efficace, poiché possono influenzare i punti di forza e di debolezza complessivi dei Pokémon. I giocatori possono incontrare e reclutare Pokémon con nature specifiche mentre esplorano i dungeon o utilizzando la funzione Wonder Mail per connettersi con altri giocatori.