1. Raccogli i sette Smeraldi del Caos: Questi sono sparsi nei livelli del gioco e ti servono tutti per raggiungere la battaglia finale.
2. Affronta Dark Gaia alla fine del gioco: Dopo aver raccolto tutti e sette i Chaos Emerald, affronterai Dark Gaia nella sua vera forma, un'enorme bestia a più teste.
3. Usa il potere degli Smeraldi del Caos: Utilizzerai il potere combinato degli Smeraldi per purificare Dark Gaia. Ciò implica l'utilizzo del modulo "Super Sonic", che viene sbloccato raccogliendo tutti e sette i Chaos Emerald.
4. Esegui la purificazione: Mentre sei in forma Super Sonic, scatenerai un potente attacco su Dark Gaia. Questo attacco non uccide Dark Gaia ma la purifica, ripristinando l'equilibrio nel mondo e riportandolo alla sua forma originale.
La storia del gioco si concentra sull'idea di restauro piuttosto che un vero e proprio omicidio. Dark Gaia, sebbene distruttiva, è in definitiva una parte dell'equilibrio del mondo e l'obiettivo è riportarla al posto che le spetta.