Sebbene la Master Ball sia un punto fermo nella maggior parte dei giochi Pokemon, è assente in Pokemon Colosseum e nel suo seguito, Pokemon XD:Gale of Darkness. Questa decisione è stata probabilmente presa per enfatizzare l'attenzione del gioco sulla cattura dei Pokemon utilizzando il sistema "Snap", che prevede l'indebolimento della determinazione dei Pokemon piuttosto che semplicemente metterli KO.
La mancanza di una Master Ball in Colosseo e XD aumenta la sfida unica del gioco e incoraggia i giocatori a padroneggiare l'arte di catturare Pokemon senza l'aiuto di questo oggetto sopraffatto.