1. Dialga rilascerà gli Ingranaggi del Tempo che aveva assorbito, riportando il flusso del tempo alla normalità.
2. Il giocatore e il suo partner torneranno a Treasure Town.
3. Dialga apparirà e spiegherà al giocatore e al suo partner che le sue azioni erano necessarie per prevenire una catastrofe più grande. Rivela che una forza conosciuta come "Materia Oscura" ha manipolato il tempo e causato varie distorsioni e problemi nel mondo.
4. Dialga affida al giocatore e al suo partner il compito di fermare la Materia Oscura.
5. Dopo questa conversazione, la storia continuerà con il giocatore e il suo partner che esplorano dungeon, combattono Pokemon e reclutano nuovi membri del team mentre lavorano per scoprire la verità dietro Dark Matter e porre fine ai suoi piani nefasti.