Questa difficoltà è la più semplice del gioco ed è generalmente considerata più tollerante rispetto agli altri livelli di difficoltà. I nemici sono meno aggressivi e hanno meno salute e il gioco dà al giocatore più vite e continua.
Difficile:questa difficoltà è più impegnativa di quella Normale, ma è comunque relativamente tollerante. I nemici sono più aggressivi e hanno più salute, e il gioco dà al giocatore meno vite e continua.
Molto difficile:questo è il livello di difficoltà più impegnativo del gioco ed è molto spietato. I nemici sono estremamente aggressivi e hanno molta salute, e il gioco dà al giocatore pochissime vite e continua. Questa difficoltà non è consigliata ai principianti o ai giocatori occasionali.
Oltre ai tre livelli di difficoltà principali, ci sono anche una serie di difficoltà segrete che possono essere sbloccate nel gioco. Queste difficoltà segrete sono ancora più impegnative della difficoltà Molto difficile e non sono consigliate a nessuno se non ai giocatori più esperti di Sonic Heroes.