Ci sono anche dei limiti al numero di determinate carte che puoi avere nel tuo mazzo:
* Mazzo principale: Puoi avere solo 3 copie di qualsiasi carta specifica nel tuo mazzo principale, ad eccezione dei mostri base che non hanno limiti (come "Nebbia Ombra EROE Elementale").
* Mazzo extra: Il numero di carte Extra Deck che puoi avere varia a seconda del formato. Ad esempio, nel formato "Master Duel", puoi avere 15 carte nel tuo Extra Deck, mentre il formato "TCG" consente 15 carte nell'Extra Deck.
Ricorda che non puoi avere più di una copia di una carta nell'Extra Deck.