Durante il gioco, le carte possono essere scartate per vari motivi, tra cui:
- Giocare ad alcune carte allenatore e Pokemon che richiedono lo scarto di altre carte come costo
- Scartare come risultato di determinati attacchi, abilità o effetti
- Scartare volontariamente le carte dalla mano per pescare carte dal mazzo alla fine del turno
- Penalità in caso di violazione di alcune regole di gioco, come il tentativo di giocare troppe energie base nello stesso turno.