- I suoi metodi sperimentali non erano sempre rigorosi. A volte faceva affidamento su prove aneddotiche e non sempre controllava le variabili. Ciò ha portato ad alcune delle sue conclusioni errate.
- A volte era troppo veloce nel generalizzare i suoi esperimenti. Spesso faceva affermazioni radicali basate su un numero limitato di osservazioni. Ciò ha portato ad alcune delle sue teorie ad essere eccessivamente semplificate.
- Non era sempre aperto a nuove idee. A volte era resistente alle nuove teorie che contraddicevano le sue. Ciò gli ha impedito di fare alcune importanti scoperte.
Nonostante queste debolezze, Robert Boyle fu uno scienziato brillante che diede un contributo significativo alla scienza. Il suo lavoro ha contribuito a gettare le basi per la chimica e la fisica moderne.