Johann Pachelbel nacque il 1° settembre 1653 a Norimberga. Non si sa molto della sua infanzia e della sua formazione, tranne che ha studiato musica con il compositore Heinrich Schwemmer, maestro di cappella alla St. Sebaldus School. Nel 1673 si iscrisse all’Università di Altdorf per studiare teologia, ma l’anno successivo accettò il suo primo lavoro, come organista del Duomo di Santo Stefano nella sua città natale.
Quando Schwemmer morì nel 1692, la reputazione di Pachelbel come musicista era saldamente consolidata e prese il posto del suo ex tutore come maestro di cappella a St. Sebaldus, essendo anche incaricato della formazione dei ragazzi del coro della scuola accanto. Tre anni dopo pubblicò il primo di otto volumi di opere corali sacre, Musikalische Sterbens-Gedancken, che sarebbe stata l'unica musica stampata della sua vita. Nello stesso anno Pachelbel sposò Barbara Gabler, figlia del commerciante di vini di Norimberga Christoph Gabler.
Nel 1695, pochi mesi dopo essere diventato padre per la prima volta, Pachelbel fu improvvisamente licenziato da San Sebaldo e lasciò Norimberga. Non ci sono informazioni sui motivi del suo improvviso licenziamento, ma fu un'esperienza traumatica per Pachelbel, poiché non si stabilì mai in un posto fisso per il resto della sua carriera.
Dopo diverse soste, la vita di Pachelbel si stabilizzò nel 1699, quando ottenne il prestigioso incarico di organista e insegnante presso la Predigerkirche (Chiesa dei predicatori) di Erfurt, dove rimase per i successivi undici anni. Lì non solo ha adempiuto ai doveri del suo incarico, ma ha anche preso parte attiva all'organizzazione e all'esecuzione di musica secolare.
Nel 1703 la moglie di Pachelbel, Barbara, diede alla luce l’ultimo e il più grande dei loro sette figli, Wilhelm Hieronymus, che seguì le orme musicali del padre e divenne un eminente organista e compositore. Quando il duca di Sassonia-Eisenach morì nel 1707, a Pachelbel fu chiesto di comporre una cantata commemorativa per l'occasione, che fu eseguita per la prima volta il 15 agosto 1707.
Nel 1704, la moglie di Pachelbel morì improvvisamente, lasciandolo con sette bambini piccoli di cui occuparsi. La carriera di Pachelbel raggiunse l'apice nel corso del 1700, ma nel 1705 la sua vita prese una svolta inaspettata e infelice quando sua figlia Catharina Barbara diede alla luce un figlio illegittimo. Catharina Barbara fu costretta a lasciare la casa e divenne servitrice nella casa del duca di Sassonia-Eisenach. Nonostante questo incidente Pachelbel rimase in buoni rapporti con il duca, che gli concesse una pensione annuale che integrava le entrate dell'organista.
Alcuni anni dopo Pachelbel accettò un nuovo incarico come organista presso la chiesa di San Michele ad Amburgo. Aveva appena assunto le sue nuove funzioni, quando morì di ictus nel marzo 1706, all'età di cinquantadue anni, pochi giorni prima del suo primo anniversario come organista presso la chiesa di San Michele.
Oggi Johann Pachelbel è noto soprattutto per le sue opere per organo, in particolare il preludio corale su “Vom Himmel hoch da komm ich her” e la Ciaccona in fa minore, nonché per il Canone e la Giga in re maggiore per tre violini e basso continuo. Fu anche un illustre compositore di opere vocali sacre e profane, tra cui oltre 200 concerti sacri, numerose messe e mottetti.